上海ncRNA測序實驗
上海ncRNA測序實驗
長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是指長度在200~100000 nt之間不具有蛋白編碼功能的RNA分子。 它們存在帶polyA尾和不帶polyA尾兩種形式， 具有跨物種的低保守性，組織特異性表達和豐度低等特點。lncRNA的種類遠遠超過編碼RNA，保守估計哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產生lncRNA轉錄本， 而相應的蛋白編碼RNA的比例僅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能機制主要包括參與轉錄調控、轉錄后調控、蛋白質運輸和mRNA降解。lncRNA已經成為非編碼RNA研究領域的一個熱點，借助高通量測序，研究人員能夠快速獲得與疾病或者特定生物學過程相關的lncRNA并進行深入研究。
實驗技術路線：
數據分析技術路線：
部分結果展示：
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 lncRNA-mRNA調控網絡 |
樣品要求
1）樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。
2）樣品量：細胞樣品請提供至少1×107個細胞，組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片，RNA樣品請提供10 μg以上的總RNA。
3）樣品質量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。
4）樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。
5）樣品運輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運輸。
參考文獻
[1] The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res. 2012 22: 1775-1789.
[2] A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component of hybrid rice. PNAS, 2012, 109:2654-2659
應用案例
Long Noncoding RNAs with snoRNA Ends . Molecular Cell, 2012, 48:219–230
利用NGS方法發現：一類雙末端都含有小核仁RNA(snoRNA)的內含子序列在剪接發生過程中可以形成一類新型長非編碼RNA，命名為sno-lncRNAs。在人類疾病Prader-Willi syndrome緊密關聯區域存在五個sno-lncRNAs，它們在人源胚胎干細胞中表達量*，且異常穩定。功能研究表明，這些sno-lncRNAs加工成熟后均聚集于其轉錄位點附近，形成一種全新的細胞核亞定位;它們同時還含有多個剪接調控因子Fox2蛋白的特異結合位點，從而可以像“海綿”一樣吸附細胞核內的Fox2，調節Fox2在細胞核內的分布，進而影響Fox2對特異 mRNA底物的選擇性剪接調控。這些sno-lncRNAs在PWS綜合癥病人中缺失，從而提示這些新的RNA分子可能與PWS綜合癥的病理發生相關。
研究結果
1. 利用RNA測序發現候選的sno-lncRNA，并進行驗證確認 。
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2. 通過后續試驗結果發現sno-lncRNA的調控機制。
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